在完善两岸水上客运服务体系方面，交通运输部将积极推动开辟大陆至台湾本岛的客滚运输航线。针对两岸高端旅游运输需求快速增长的情况，交通运输部特许大陆企业包租外籍邮轮于今年上半年从事六个航次的试验性赴台旅游运输，预计总客运量将达1.5万人次。
在构建两岸便捷的运输和物流通道方面，交通运输部将加大投入，加快完善两岸“三通”的基础设施建设，创造条件，加强协商，促进两岸客滚运输发展和车辆互通，推进先行试点陆海联运，促进农产品、鲜活产品等物资的快速流通，提升两岸运输和物流的便利化水平。
为推进宽领域、深层次、常态化合作，交通运输部将做好“东海救101”专业救助船赴台访问工作，组织两岸海运论坛、两岸搜救学术研讨会、两岸四地公路交通发展论坛等交流活动，推动两岸在搜救、救助、打捞、海事、船舶防污染等方面加强协作。同时，引导和鼓励行业协会和相关科研院校与台对口单位签署战略合作协议。
在促进相互投资和市场开放领域，ECFA（海峡两岸经济合作框架协议）服务贸易协议今年有望签署，交通运输部将重点落实该协议交通运输领域的开放内容，促进两岸交通运输领域相互投资，同时促进两岸交通运输企业特别是港航企业的联营、联盟等合作。此外，两岸还将在制定产业标准、推动绿色安全发展等方面加强交流，增强国际话语权和主导权，共同应对严峻航运形势的挑战。
为建立健全两岸宏观调控和市场监管体系，交通运输部将组织有关方面加强经济形势和市场分析，实施集装箱运价备案制度，强化市场监管，及时发布航运市场信息，引导两岸海运市场健康、可持续发展。
自2008年年底海峡两岸“三通”全面启动四年多来，两岸直航港口（港区）由最初的74个增加到85个，集装箱航线、客运航线分别达到29条和7条，大陆有14个港口与台湾主要商港建立了战略合作关系，中远集团、中海集团和香港招商局集团联合投资参营了高雄港集装箱码头。两岸建立健全了一系列交流合作机制，交流合作层次不断提升，交流领域和途径不断拓展。
2012年，两岸海上货运量、客运量分别完成6250万吨、166.4万人次，承担了两岸99%以上的货运量和21%的客运量。特别是福建平潭至台中港的高速客运航线实现了常态化运营，大陆至台湾本岛水路客运量达17万人次，同比增长约70%。两岸交通运输人员交流超过1.1万人次，涵盖港口航运、海事船检、搜救打捞、公路建设等领域。
